消毒用アルコールを布に染み込ませ拭き取ってから掃除機で吸い取り、風を通して乾燥させます。
畳表がカビてしまうのはまだい草が若い張替えてから0~3年の物だと思います。畳替えをしたらしばらくは掃除と除湿に気を使ってください。