畳にはダニが発生しやすいというのは誤解です。これは、他の床仕上げ材である絨毯などと比較してみても明らかです。
ダニの寄生の主な原因は、カビと同じで高温多湿です。この状態でたんぱく質があるとダニは増殖してしまいます。
対策としてはこまめに掃除機がけをすることが一番だと思います。畳の上に上敷きや絨毯があると十分なお手入れができないので、１枚ものでタンスなどの下まで入って敷きっぱなしになる様な物は使わないようにしてください。どうしても使いたい時は上の物を除けばすぐに干せるくらいの広さの物にしましょう。